答：基于lncRNA与其靶基因的作用方式，我们采用2种预测方法进行lncRNA的顺式靶基因和反式靶基因进行预测：
第一种，lncRNA调控其邻近基因的表达，主要根据lncRNA与gene的位置关系预测，lncRNA 100kb范围内的邻近基因为其顺式靶基因；
第二种，当样本数目比较多时，通过样本间 lncRNA 与 mRNA 的表达量相关性分析方法来预测 lncRNA的反式靶基因。