（1）不同物种，多拷贝基因难以确定基因的一?一对应关系无法比较表达量；当然，单拷贝同源基因可以确定一一对应关系，但是；

（2）表达谱差异分析（例如?RPKM值比较）实际上使用的内参是?RNA总量。相同物种RNA总量稳定，所以没有问题。但不同物种RNA总量未必相同，所以物种间的差异分析就失去了稳定的内参。因此强行比较的话，是不严谨的。