今天给大家介绍的是百创智造的分析软件 “BSCMatrix ”，?该软件可以完成BMKMANU DG1000下机数据到矩阵文件等流程文件的生成。BSCMatrix下载链接：http://www.bmkmanu.com/portfolio/tools部署位置：

1、conda安装

#下载

wget?https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

#下载完成之后运行

sh?Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

————>?#按提示安装

#安装完成后执行以下命令

source?~/.bashrc

#帮助命令
conda?list?#查看当前环境下用conda安装的软件
conda?remove?fastqc?#?删除该环境中的软件
conda?remove?-n?rnaseq?fastqc?#?删除指定环境下的软件
conda?update?fastqc?#升级指定的软件
conda?update?conda?#升级conda本身

2、conda环境配置

conda?create?-n?(环境名)?python=3.9
#激活创建的环境
conda?activate?(环境名)
#添加镜像源
conda?config?–add?channels?https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda?config?–add?channels?https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda?config?–add?channels?https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda?config?–add?channels?https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
#查看镜像源
conda?config?–show-sources

3、安装python模块

#BSCMatrix
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?plotly
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?lz4
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?Cython
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?h5py
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?scipy
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?tables
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?sklearn

4、运行setup.py

cd?BSCMatrix_v1.7/cellcalling/
python?setup.py?build_ext?-i

5、安装star和samtools

conda?install?star=2.6.1d
conda?install?samtools

6、运行

#输入数据准备
1）测序数据：双端测序 fastq 数据。
2）参考基因组数据：基因组序列文件，gtf 文件，gff 文件。
3）features.tsv 文件：可使用 gtf 文件生成，参考命令：perl ./tools/features_generate_v1.1.pl?-i?xxx.gtf?-o?features.tsv
4）STAR 基因组索引文件：可使用基因组序列文件和 gtf 文件生成，参考命令：
STAR?–runThreadN?8?–runMode?genomeGenerate?–genomeDir?star/?–genomeFastaFiles?genome.fa?–sjdbGTFfile?gene.gtf

#配置文件编写

config.txt：

###?数据文件
##?测序数据：步骤 1、2 使用
FQ1?/path/to/read_1.fastq
FQ2?/path/to/read_2.fastq
##?参考基因组 STAR 索引文件、gff 文件：步骤 2 使用
INDEX?/path/to/STAR/index/dir/
GFF?/path/to/ref/gene/gff3/file
## features.tsv 文件：步骤 3 使用
FEATURE?/path/to/features.tsv
##?输出目录及输出前缀
OUTDIR?/path/to/result/dir/
PREFIX?outfile-prefix
###?程序参数
##?fastq2BcUmiSC
MinKmerNum?3?#最低匹配?kmer?数
##?Umi2Gene
Sjdboverhang?100?#STAR?建库时使用的-sjdboverhang?参数值，默认?100
Threads?8?#STAR?比对线程数##?QC
EC?3000?#期望细胞数

#流程运行

1）流程说明：

流程分为?5?个步骤，如下所示：
A）步骤?1：运行 fastq2BcUmiSC，识别 fastq 数据中的 barcode、umi。
B）步骤?2：运行 Umi2Gene，将 reads 与参考基因组比对，得到每个 UMI 对应的基因信息。
C）步骤?3：运行 MatrixMake，获得基因表达矩阵。
D）步骤?4：运行 QC，过滤基因表达数据与统计。
E）步骤?5：运行 WebReport，得到网页版报告。

2）流程参数：

-c?config.txt?数据配置文件
-s?步骤选择，0?为运行?1-5?所有步骤，也可选择个别步骤单独运行，多个步骤中间使用“，”分割。

3）参考命令：

./BGTMatrix?-c?config.txt?-s?0
./BGTMatrix?-c?config.txt?-s?1,2,3,4,5
./BGTMatrix?-c?config.txt?-s?1,2

报错及解决方法

#1?权限报错
./BSCMatrix:?Permission?denied
#解决
chmod?755?./BSCMatrix

#2?perl报错
BEGIN?failed–compilation?aborted
#解决
yum?groupinstall?perl*
注：分析过程中如遇到报错，请保留dos界面截图联系我们，我们将及时为您处理。