在表观多组学联合分析中，需要对某个区域进行可视化。igv、UCSC、GBrowse、WashU Epigenome Browser、R包Sushi等都可对多组学数据进行可视化。

今天给大家介绍一款基于python语言的软件pyGenomeTracks,?拥有和基因组浏览器相同的展现形式。它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型，是一款功能强大且使用方法简单的强大软件。

?pyGenomeTracks首先生成绘图文件，bigwig、bed、Hi-C文件，然后根据绘图文件生成配置文件name.ini; 最后使用pyGenomeTracks命令对特定区域生成相应的结果文件。具体的使用方法如下：

1、?安装软件

pyGenomeTracks使用conda、pip和源码安装，推荐使用conda安装

参考网址：https://pygenometracks.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html

2、?绘图文件

pyGenomeTracks旨在产生高度可定制的高质量基因组浏览器轨道。目前，可以绘制：

 

具体格式说明，见

https://www.jianshu.com/p/4880f1969919

epilogos文件：将表观遗传状态（例如来自chromHMM）可视化。有关更多信息见：https://epilogos.altiusinstitute.org/；使用qcat文件绘制epilogos。文件可以使用epilogos软件创建；软件链接：https://github.com/Altius/epilogos

narrow peaks文件： MACS2 narrowPeak格式；其中根据峰的起点，终点，峰顶和高度绘制了峰的形状。

Hi-C矩阵文件： 矩阵必须用h5格式，如果我们利用HiCPro软件得到的矩阵需要使用HiCExplorer的hicConvertFormat转成h5格式。它可以对h5、cool、hic、homer、hicpro这些格式相互转换。eg：

参数说明：

具体参数说明见：

https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/tools/hicConvertFormat.html?highlight=hicConvertFormat%20

 

3、?使用过程

第一步：准备绘图配置文件：可自动生成，也可以按照模板手动填写

参数说明：

单个track

生成绘图配置文件tracks.ini如下：

 

第二步：绘图代码

 

参数说明：

 

生成的结果如下：

 

多个track

 

结果如下：

pyGenomeTracks还可以绘制更复杂的图形哦！

 

 

多组学分析的时候经常会对相同的文件绘制不同的区域，pyGenomeTracks可生产一个region.bed文件，进而对相同的文件绘制不同的区域：

 

 

更多示例见：https://pygenometracks.readthedocs.io/en/latest/content/examples.html

 

参考文献：

Ramírez, F., Bhardwaj, V., Arrigoni, L. et al. High-resolution TADs reveal DNA sequences underlying genome organization in flies. Nat Commun 9, 189 (2018). https://doi.org/10.1038/s41467-017-02525-w