做过ChIP-seq和ATAC-seq的小伙伴想必都知道Motif预测吧，大家觉得比较常用又好用的软件大概就是MEME-ChIP组件了吧。网上有很多教软件安装使用的教程，网站分析界面也很友好，所以我们不讲如何使用，而是讲如何看结果。

我们根据实际需求，从MEME-ChIP的原始分析结果中提取了精华，提供了较为全面完整的分析结果：

1、每个motif的logo图

2、motif注释结果(JASPAR)

3、MEME注释结果与Peak靶基因的联合结果

4、MEME-ChIP所有的HTML版结果

前三条一般情况下是足够的啦，但是小编就是比较执着，就想看看MEME-ChIP的原始分析结果都是什么，接下来我们就开始吧。

为了方便所有人，小编特意在网站上做了一版，这样想学习的大家都可以复现啦。

先准备数据，这里是一个ATAC-seq预测的Peak数据，我们选取Peak峰周围几百bp的DNA序列作为输入，记住一定要是FASTA格式的数据哦。如果你自己没有的话，网站也提供了示例数据，你可以在这里找到：

然后上传数据，开始分析，小编在这里全部使用默认参数：

点击开始后，就可以耐心等待啦~

一段时间后你就可以从邮箱里找到你的分析结果链接，下载下来解压就是这个样子的：

打开meme-chip.html，接下来就是这样子的：

小结

1、使用MEME-ChIP的时候务必保证输入序列是等长的。

2、MEME-ChIP中嵌套的de novo Motif Discovery工具是MEME和DREME，Motif Enrichment工具是CentriMo和SpaMo，Motif Camparison（Motif注释）软件是Tomtom，Motif Scanning工具是FIMO。

3、MEME和DREME的区别是：MEME用于发现较长的Motif(约21bp)；DREME用于发现较短的Motif(约8bp)

4、CentriMo和SpaMo的区别是：CentriMo用于发现Motif(de novo发现的Motif+给定的已知数据库中的Motif)在输入序列上的富集，另外CentriMo要求输入序列等长；SpaMo（Motif间距分析），以Cluster后的Motif作为primary motif，以de novo发现的Motif和给定的已知数据库中的Motif为secondary motif，找到在输入序列上在相对primary motif出现位置的特定距离处富集的secondary motif。

如果您还有看不明白的，欢迎点击下方按钮联系我们，我们将安排技术支持与您一对一进行项目讨论。