三代测序仪以其超长读长的优势，在基因组组装中备受青睐，目前广泛应用的是PacBio三代单分子荧光测序和Nanopore三代单分子纳米孔测序，因Nanopore测序读长更长且通量高的特点，近几年在基因组组装应用中崭露头角，先后在Nature Biotechnology上发表了人的基因组、Plant cell上发表了野生番茄基因组、Nature Genetics上发表了高粱基因组等等，测序技术已相当成熟。
ONT测序结果展示
作物类（部分）
林木类（部分）
动物（部分）
水产（部分）
中药材（部分）
注：Species：分析的物种信息；SeqNum：各个长度范围内序列的数目；SumBase：指各个长度范围内序列的总长度；N50Len：reads N50长度；N90Len：readsN90长度；MeanLen：平均reads长度；MaxLen：最长reads长度；MeanQual：质量值。
以上是总结的部分作物类、林木类、动物、水产和中药材的下机数据结果展示，从以上的数据不难看出，平均raeds长度几乎均在20Kb以上，最长reads高达1.6Mb以上（不同样品DNA抽提难易程度不同，会造成一定的影响）。
基因组组装结果展示
上表中最后一列MeanQual就是下机数据的质量值，与碱基准确度的换算公式为：准确度 = 1-10^(-Q/10)，经计算? Nanopore下机数据单碱基的平均准确率约为86%左右，这样经过校正的数据再用Canu、SMARTdenovo、WTDBG等软件进行基因组的组装，再经过二代数据的polish之后，碱基的准确度可达到99.99%以上呢！
废话少说，直接上组装结果！
植物（部分）
动物（部分）
注：Species：分析的物种信息；CtgNum：contig数目；CtgLen：contig总长度；CtgN50：contigN50长度；CtgN90：contigN90长度；CtgMax：最长contig长度；GC(%)：GC含量占比。
注：物种：分析的物种信息；Complete BUSCOs：找到完整基因数；Complete and single-copy BUSCOs：其中单拷贝基因数；Complete and duplicated BUSCOs：多拷贝基因数；Fragmented BUSCOs：预测不完整基因数；Missing BUSCOs：没有预测出来的基因数。
评估结果显示基因完整度均在90%以上！！说明Nanopore数据的组装连续性和完整性都是非常好的，是值得广大科研工作者信赖的哦！
百迈客ONT平台发展历程
?
推荐文章
京公网安备 11011302003368号