近日,兰州大学基础医学院学者发表了有关畸形精子症男性不育相关研究,该研究中外显子测序由百迈客生物科技有限公司完成,详情如下:
英文题目:A novel homozygous FBXO43 mutation associated with male infertility and teratozoospermia in a consanguineous Chinese family
发表杂志:Fertil Steril
影响因子:4.803
合作单位:兰州大学基础医学院
研究方法
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形态学分析:通过透射电子显微镜观察精子形态异常
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全外显子组测序鉴定候选致病基因:先证者所在近亲家系(4例,先证者、先证者弟弟及其父母),突变位点筛选及保守性分析
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突变位点验证:sanger测序验证筛选后的候选突变位点
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预测突变后蛋白结构变化:Swiss-Model蛋白结构建模及可视化
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大量散发样本验证:124名患有畸形精子症的散发性不育男性患者和200名正常生育的男性对照中进行单个基因靶向测序,筛查散发病例中的突变
研究结果
1、患者表型–形态学分析
本研究中涉及的为甘肃省回族一个近亲结婚家系,其中两兄弟都没有孩子,并且患有生育障碍。许多以前的精液分析显示出严重的畸形精子症。两兄弟以前没有重大疾病的记录,检查显示正常的男性血清激素水平,正常的46,XY 核型和Y染色体微缺失。
形态学分析显示严重的完全畸形精子症,主要的异常是严重的无定形头,具有空泡和过剩的残留细胞质(图1F)。来自两兄弟的精子在头部出现畸形(图1G和H)。精子呈现较大的无定形头和腔隙染色质缺陷(空泡),具有丰富的残留细胞质。
2、WES鉴定FBXO43 C1991T纯合突变
对两兄弟及其父母进行了全外显子组测序WES,平均覆盖深度为120×,目标区域覆盖度为99.87%。排除在任何变异数据库中MAF>0.05的变异,错义突变、无义突变、移码突变和剪接位点突变等优先保留。此外,SIFT、PolyPhen-2和Mutation Taster等同时预测为具有潜在有害性的变异也被保留用于进一步评估。
由于父母为近亲结婚,首先考虑常染色体隐性遗传模式,确定了2个具有功能丧失突变或潜在有害的错义突变位点。结合基因功能分析等条件过滤后,锁定了一个新的非同义突变FBXO43(C1991T,p.G664D)。通过Sanger测序,证实了2个兄弟存在FBXO43中的C1991T纯合突变。先证者的父母携带杂合突变。
3、FBXO43纯合突变的保守性和结构功能分析
FBXO43基因C1991T(G664D)纯合突变位于5号外显子(图2A)。FBXO43蛋白质包括?F-box和C-端的ZBR(锌结合区)(http://www.uniprot.org/uniprot/Q4G163)。残基G664D位于FBXO43蛋白的C端ZBR中(图2B),残基G664在Euteleostomi(真硬骨动物)中高度保守(图2C)。非同义突变G664D不存在于1000G以及ExAC数据库中。此外,SIFT、PolyPhen-2和Mutation Taster预测G664D突变可导致蛋白功能变化(有害)。
(注:该图中除C1991T(G664D)外,其他突变为在散发样本中发现的FBXO43基因突变)
FBXO43(c.1991C>T)非同义突变导致FBXO43蛋白664残基从非极性氨基酸(Gly甘氨酸)转变为带负电荷的氨基酸(Asp天冬氨酸)(G664D)。蛋白质二级结构通过in silico结构模型预测,与野生型相比,具有2个明显缩短的β-折叠(残基654-668)、额外产生的α-螺旋(残基610-613)和明显变化的loop(残基583-618)。
为了评估更广泛人群中FBXO43的突变,对散发不孕患者和未受累对照进行了FBXO43基因突变筛查。所有散发不孕的患者均为甘肃省汉族人。主要的异常是无定形精子头,具有可变比例的空泡和过剩的残留细胞质。其他精液参数因不同患者而异,包括不同的精子浓度水平(41.61±32.48×106/ml)和不同精子活力(45.397%±22.83%)。
在124名散发患者中有4名(3.2%)携带FBXO43杂合突变。这4名患者均出现不孕和畸形精子症。此外,这些突变也不存在于1000 Genomes Project和ExAC数据库中(表1)。残基E594、I250、G149和E98在Euteleostomi(真硬骨动物)中也是保守的(图2C)。
为了排除所鉴定的突变在研究群体中是常见突变的可能性,对来自中国200个可育个体的FBXO43外显子进行了突变筛查。进行精液分析和生育有后代的200名可育人群均为甘肃省汉族人。然而,在200个对照个体中没有发现任何致病性FBXO43突变。
小结
参考文献:
MA, Ying, et al. A novel homozygous FBXO43 mutation associated with male infertility and teratozoospermia in a consanguineous Chinese family. Fertility and sterility, 2019.
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