华中农业大学博士生王楠为该论文第一作者，邓秀新院士为该论文通讯作者。本期文献秀，我们就邀请王楠博士为大家带来本篇文献的科研分享。

活动信息

时间：2022年7月5日

地点：在线直播间

活嘉宾简介

王楠 博士后

2022年毕业于华中农业大学园艺植物生物学教育部重点实验室邓秀新院士课题组，现为中国农业科学院深圳基因组研究所博士后。主要工作围绕柑橘无融合生殖的进化研究开展。基于群体基因组学解析了柑橘无融合生殖的平行进化特征和无融合生殖广泛发生的进化机制。

文献秀直播报名

文献详细解读

Natl Sci Rev：柑橘无融合生殖演化研究

关于文献秀

文献秀是一个生命科学优秀文献分享平台，在这里，我们邀请当前热门科研进展文献的作者，来给大家分享科研经历。欢迎报名参与分享加入我们吧。

2021年4月10日，《BMC plant biology》在线发表了名为“Cold acclimation can specifically inhibit chlorophyll biosynthesis in young leaves of Pakchoi”研究文章，该研究通过转录组学和非靶向代谢组学联合分析，选择了候选基因及代谢物，并对其进行功能验证，为解析不结球白菜“Y-05”叶色变化的机制提供了一定的依据。

本期文献秀，我们邀请了本篇文章的第一作者王惠玉博士，针对该篇文章进行科研分享及讨论答疑

活动信息

时间：1月21日 16:00

形式：免费线上直播

嘉宾简介

王惠玉 博士

南京农业大学博士在读，主要研究方向为不结球白菜遗传育种和分子生物学研究，非生物胁迫抗性机制等。

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关于文献秀

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本期分享文献

文献题目：Genome-Wide Identification and Expression Analysis of the MADS-Box Gene Family in Sweet Potato [Ipomoea batatas (L.) Lam]

发表期刊：《Frontiers in Genetics》

发表时间：2021年11月

影响因子：4.59

第一作者：邵正伟 广东海洋大学

文献原文：点击查看

文献导读

MADS-box基因是植物中最大的转录因子家族之一，是广泛存在于真核生物中的一类转录因子，它在植物生长发育中起着重要作用，参与花和果实的生长发育。甘薯是一类具有很高价值的粮食作物和能源作物。目前对甘薯MADS-box基因的报道较少，对甘薯MADS-box基因的全基因组鉴定和分类研究尚未见报道。本研究首次对甘薯MADS-box基因进行了综合分析，鉴定了甘薯中的MADS-box基因，分析了这些基因的结构和蛋白，并与拟南芥MADS-box蛋白进行系统发育分析。本研究还确定了甘薯MADS-box基因的MADS结构域和核心motif，也在甘薯MADS-box基因的启动子区域发现了光响应、生长素响应、干旱诱导和茉莉酸甲酯响应等顺式作用元件，进一步揭示了MADS-box基因对环境变化和激素响应的调控基础。此外，还通过RNA-seq分析了这些基因在不同组织的特异性表达模式，并进行了验证。本研究从多个角度分析甘薯MADS-box基因的分子基础，研究了MADS-box基因对甘薯生长发育的影响，为甘薯分子育种提供一定的理论依据。

研究结果

1、甘薯 MADS-Box家族的鉴定和结构分析

从甘薯全基因组中鉴定出95个MADS-Box基因，根据基因结构，被分为两类，I 型和 II型。不同类型的 MADS-Box基因结构有明显的区别。大多数I 型基因长度小于2 kb, 且具有一至两个长片段外显子， II型基因长度超过3 kb， 超过6个外显子，大多数的外显子片段是短的。蛋白质结构域预测分析表明甘薯 MADS-box 基因包含除MADS域的其它结构域。大多数I 型基因包含数量不等的低复杂性区域结构和卷曲线圈区域结构，21个 II型基因包含K-box结构域，K-box结构域通常与SRF型TFs相关，也是 II型MADS-box 基因的特征结构域。

2、MADS 蛋白的系统进化分析

通过MEGA-X构建了甘薯，甘薯近缘野生种和拟南芥的MADS-Box蛋白。根据拟南芥MADS蛋白的分类，甘薯I 型MADS蛋白分为三个亚家族：Mα, Mβ,和Mγ。II型MADS蛋白质分为12个亚家族。其中，Mα亚家族和Mβ亚家族各有27种蛋白质，Mγ亚家族中16种蛋白质含量较少，这与拟南芥蛋白质亚家族的分布相似。然而，甘薯近缘野生种I 型MADS蛋白主要在Mα 亚家族中集中分布，Mβ和Mγ亚家族中各只有一个MADS-Box基因。甘薯 II型MADS基因在分类上更接近甘薯近缘野生种。甘薯的II型MADS基因没有出现在 FLC或TT16亚家族中，在其它亚家族中都有分布，有一至六种蛋白质。

3.、MADS-Box的染色体定位

对甘薯中95个MADS-box基因进行了染色体定位。结果表明，除了LG3染色体外，MADS-box基因在甘薯其他14条染色体上的数量也有所不同。超过10个MADS-Box基因分布在LG7、LG8、LG11和LG15染色体上。LG1、LG5和LG12染色体包含较少的MADS-Box基因，只有一到三个。

4.、MADS蛋白的保守基序分析

甘薯中MADS蛋白基序的数量存在一定的差异。所有基因都有基序1，可编码28个氨基酸。超过90个基因包含基序2和基序5。这三个基序编码的51个氨基酸是MADS-box基因的核心基序。

5.、MADS-Box基因启动子区域的顺式作用元件分析

根据在线工具预测MADS基因的顺式作用元件，所有甘薯MADS-Box基因都含有3-12个光相应元件，ABA响应元件、生长素响应元件、还有少量调节元件，如昼夜节律控制元件、分生组织表达元件、水杨酸响应元件、低温响应元件、赤霉素响应元件、防御和应激响应元件，暗示MADS-box基因可以响应各种环境变化，协调甘薯的生长发育。

6.、MADS-Box基因的表达谱

为了研究MADS-box基因在甘薯中的表达模式，转录组测序表明大多数甘薯MADS-box基因存在表达特异性。34个基因在甘薯花和果实中特异表达，其余基因在营养组织如根和茎尖中高表达。大量I型基因主要在茎尖表达，提示Ⅰ型基因在一定程度上参与了甘薯地上部分的营养生长过程。

总体而言，甘薯MADS-box基因参与了甘薯花和果实等生殖器官的生长发育。它们在甘薯的根、茎和叶等营养生长和发育过程中至关重要。

本期文献秀我们邀请到了本篇文献的第一作者为我们分享他的研究思路和文献内容，活动信息如下：

活动信息

时间：12月10日 16:00

形式：免费线上直播

本期分享嘉宾

邵正伟 硕士

广东海洋大学硕士，研究方向为甘薯遗传育种、甘薯块根发育机理相关研究。目前已发表一篇中文核心和一篇二区SCI，擅长生物信息学相关数据分析与可视化处理。

本期文献秀直播就分享一篇案例，带领大家进入多组学联合分析的新视野。

本期分享文献

文献题目：Multiomics analysis reveals new insights into the apple fruit quality decline under high nitrogen conditions

发表期刊：《Journal of Agricultural and Food Chemistry》

发表时间：2021年05月

影响因子：5.279

第一作者：王芬 山东农业大学

文献解读：点击查看

原文下载：点击下载

活动信息

时间：11月26日 16:00

形式：免费线上直播

该研究首次公布了棉属中二倍体圆叶棉基因组，并对亚洲棉和雷蒙德氏棉基因组进行了升级，解析了转座子活动驱动的基因组大小进化特征，从转座子扩增和染色质空间结构角度为棉花物种进化提供新的见解，为植物中转座子活动介导的转录调控进化研究提供参考。

本期文献秀我们邀请了李健英博士为我们分享棉花转座子与基因组三维结构进化的奥秘。

活动信息

时间：11月12日 16:00

形式：免费线上直播

本期分享文献

文献题目：Comparative Genome Analyses Highlight Transposon-Mediated Genome Expansion and the Evolutionary Architecture of 3D Genomic Folding in Cotton

发表期刊：《Molecular Biology And Evolution》

发表时间：2021年05月

影响因子：16.24

第一作者： 李健英 华中农业大学

文献原文下载：点击下载

详细文献解读：点击查看

本期分享嘉宾

李健英 博士后

李健英，华中农业大学博士后，作物遗传改良国家重点实验室Research Associate。近年来，挖掘了棉花受虫害侵染后的基因库；剖析了棉花再生的分子机制和基因编辑脱靶效应；组装了多个棉花参考基因组和泛基因组；揭示了棉花属基因组大小进化规律；解析了纤维品质性状形成的基因组学基础。从2016年至今，以第一（含共同）作者在Genome Biology, Molecular Biology and Evolution, Plant Biotechnology Journal (3篇)等发表6篇，以参与作者在Nature Genetics, Nature Plants, Advanced Science等发表15篇，被引超过1200次。主持了国家自然科学基金、博士后面上基金、湖北省博士后创新岗位等项目，获得了中国作物学优秀博士论文。受邀在国际动植物基因组大会、华人基因组沙龙、长三角博士生论坛等作报告5次。

关于文献秀

中文题目：转录组分析揭示了不同土壤含水量条件下甘肃内生真菌改变了宿主醉马草激素生物合成和响应通路

英文题目：Transcriptome Analysis Revealed Plant Hormone Biosynthesis and Response Pathway Modification by Epichlo? gansuensis in Achnatherum inebrians under Different Soil Moisture Availability

期刊: Journal of Fungi

影响因子:5.816 (2020年)

发表时间：2021年08月

文献解读：点击这里

第一作者：赵振锐 兰州大学

直播文献研究背景

干旱是影响植物正常生长和限制作物产量的重要因素之一。醉马草是禾本科芨芨草属的多年生草本植物，广泛分布在我国西北地区。野生醉马草内生真菌带菌率近乎100%，二者的互利共生使醉马草适应了我国西北地区长期干旱的气候。本研究以醉马草内生真菌共生体为试验材料，在温室盆栽条件下设置三个水分梯度处理，通过形态学指标的测定结合转录组测序的分析，明确内生真菌和水分互作对醉马草激素合成和响应通路上差异基因表达的影响，并通过ELISE测定水杨酸和茉莉酸含量，从植物激素的视角来探究内生真菌提高宿主醉马草对干旱胁迫的响应机理。

本期文献秀，我们就邀请了本文的第一作者赵振锐来给大家分享该篇文献的科研经历。

活动信息

时间：09月28日 16:00

形式：免费线上直播

嘉宾介绍

赵振锐 硕士

毕业于兰州大学草地农业科技学院，获得推免资格在兰州大学草地农业科技学院攻读硕士学位，主要研究方向为植物-微生物互作提高宿主植物抗逆机理研究，以第一作者在《草业科学》和《Journal of Fungi》期刊发表文章各一篇，授权国家计算机软件著作权1件。

报名方式

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时间：09月17日 16:00

形式：免费线上直播

文献研究背景

植物的根往往被土壤细菌所侵染，这些细菌被认为是抗生素抗性基因(ARGs)的主要接纳体。ARGs可以在这些微生物和病原体之间转移，但这些ARGs和病原体在多大程度上从土壤传播到植物的机制还不清楚。作者使用扩增子和宏基因组测序研究了红树林幼树土壤-根系连续体的高分辨率抗性剖面。数据显示，91.4%的ARGs在4个与根系相关的空间(内圈、epis圈、根圈和未种植土壤)共享。与微生物区隔选择动力学不同，导入以一种连续的方式散布在土壤-根系连续体上。这种传播与潜在的根系相关的细菌和真菌微生物群无关，但可能是由多种可移动遗传元素促进。创伤弧菌、致病性大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌作为多药耐药病原菌，在4个隔室中均占主导地位，表明抗生素病原菌可能沿土壤-根系连续体传播。通过解读根系相关抗性和病原体的形态和动态，作者的研究确定了土壤-根系连续体是一个相互连接的汇，通过它，某些ARGs和病原体可以从土壤流向植物。
本期文献秀，我们就邀请了本文的第一作者胡瑞文博士来给大家分享该篇文献的科研经历。

本期分享文献

文献题目：Prevalence of antibiotic resistance genes and bacterial pathogens along the soil-mangrove root continuum

发表期刊：《Journal of Hazardous Materials 》

发表时间：2021年4月

影响因子：10.588

第一作者：胡瑞文 中山大学

点击查看文献解读：

https://mp.weixin.qq.com/s/mSf-OFUapJw6Upy1Yf9BYg

本期分享嘉宾

胡瑞文 博士

主要从事环境微生物组相关研究，关注的研究方向：1，环境污染物的微生物降解；2，环境微生物的相互作用机制； 3，河口与海洋生态系统中微生物介导的元素循环。

张雨 研发工程师

毕业于武汉大学，具有5年微生物组学研究经验，目前负责宏基因组生信分析相关研发工作。

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文章题目：Evaluation of Sample Preservation Approaches for Better Insect Microbiome Research According to Next-Generation?and Third-Generation Sequencing

发表期刊：《Microbial Ecology》

发表时间：2021年3月

影响因子：4.55

第一作者：杨子文 中山大学

原文下载：>>点击下载

昆虫的共生微生物参与了寄主生存与适应的诸多重要环节，包括消化、营养和防御等，时常发挥着关键的作用，因此也被视为推动昆虫快速演化的关键因素之一。随着对于昆虫共生微生物的研究从模式生物和经济类群逐渐拓展到更大多样性规模的昆虫物种，如何在长时间的野外采集工作中高质量地保存样品，也成为后续研究中需要有效应对的一项挑战。

本文对昆虫样品野外保藏的四种常见方法进行了评估，并分别采用了二代测序技术以及三代测序技术对平行数据进行分析。2021年3月11日，研究成果以“Evaluation of Sample Preservation Approaches for Better Insect Microbiome Research According to Next-Generation and Third-Generation Sequencing”为题，发表在学术期刊《MICROBIAL ECOLOGY》上。

本期文献秀邀请了本文第一作者杨子文博士为大家带来该科研项目的研究经历。

活动信息

时间：8月13日 16:00

形式：免费线上直播

本期分享嘉宾

杨子文 博士

中山大学生态学专业，获得南京大学学士学位以及中山大学硕士学位。研究方向为利用组学技术以及生物信息学研究蝽类昆虫与微生物共生关系的演化。

李汉洲 产品经理

毕业于哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院，具有6年微生物组学研究经验，现任百迈客微生物产品经理。

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2021年6月5日，《International Journal of Molecular Sciences》在线发表了名为“Comparison of Gut Bacterial Communities of Grapholita molesta (Lepidoptera: Tortricidae) Reared on Different Host Plants”的研究文章，该文章基于16S rDNA测序技术，对采食人工饲料(苹果、梨、油桃、桃子、李子和桃芽)的梨小食心虫肠道菌群结构进行了研究，探讨了寄主植物对其肠道菌群的影响。

本期文献秀，我们邀请了该论文的第二作者张宣博士，为大家带来该科研项目的研究经历。

活动信息

时间：7月30日 16:00

形式：免费线上直播

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英文题目：Comparison of Gut Bacterial Communities of Grapholita molesta (Lepidoptera: Tortricidae) Reared on Different Host Plants

发表杂志：《International Journal of Molecular Sciences》

发表时间：2021年6月

影响因子：5.923

第一作者：张宣

文献原文：点击下载

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张宣 博士

西北农林科技大学植物保护专业博士在读，研究方向为农业昆虫与害虫防治。致力于运用多组学及生物信息学方法解决梨小食心虫在不同寄主间的适应机制。

分享主题

取食不同寄主植物的梨小食心虫肠道细菌群落比较

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